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检查出甲状腺乳头状癌，有基因突变，可通过药物治疗、手术的方式进行治疗。

1.药物治疗：患者可在医生指导下服用左甲状腺素钠片、甲状腺片，可以帮助控制促甲状腺激素，抑制肿瘤生长。如果病情进展迅速、恶性程度较高，可在医生指导下服用甲苯磺酸索拉非尼片、甲磺酸仑伐替尼胶囊、甲磺酸仑伐替尼胶囊等药物进行靶向治疗。

2.手术：甲状腺乳头状癌患者可在医生指导下通过腺叶加峡部切除术、全/近全甲状腺切除术等手术方式进行治疗。如果淋巴结肿大，可进行相应区域的淋巴结清扫。

患者术后应谨遵医嘱用药，定期前往医院内分泌科复查，以了解病情的恢复情况。